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東大発、バイオインフォマティクス&生命科学教科書4発\(^O^)/2008年04月05日 11時09分03秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp)のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。

標題: 東大発、バイオインフォマティクス&生命科学教科書4発\(^O^)/
---
 何年も前から、生命科学やバイオインフォマティクスの本を紹介するといい
ながら、
http://iiyu.asablo.jp/blog/2007/05/27/1537622
買ってきた本
http://iiyu.asablo.jp/blog/2007/07/29/1687846
ワトソン「DNA」、遺伝子診断、遺伝医療、分子人類学
http://iiyu.asablo.jp/blog/2007/07/29/1687847
榊佳之著「ゲノムサイエンス」、岸宣仁著「ゲノム敗北」
で、散発的に紹介しただけ。
 今日、自分のブログにGoogleが配信してきた広告に、東大発生命科学の教科
書の第3弾があった。年貢の納め時と思って、東大が作った生命科学&バイオ
インフォマティクス教科書を4発簡単に紹介。これも書き出すと発散するので、
手短にする。

 前述「榊佳之著「ゲノムサイエンス」、岸宣仁著「ゲノム敗北」」の最後に
書いたことを補足しておくと、21世紀の科学者やエンジニアを育てるなら、分
子生物学と情報科学(あるいは情報工学やコンピュータサイエンス)の両方がわ
かる人材を育てないといけないという話は15年くらい前からはあって、東大で
もなんとかしようとしていたわけ。
 容易に想像できるように、東大くらい巨大な組織だと学科の新設は大変。
 すったもんだの挙句、去年(平成19年、2007年)にやっとできたのが、理学部
の生物情報科学科。
 学科の新設を待っていたんじゃ、とてもじゃないが世界から取り残されるの
で、国の予算はついたけれど、おれに言わせれば、ほとんどゲリラ的といって
いい形で、生物系、情報系の先生、学生をかき集めて、特別な集中講義をやっ
ていた。
 夏休みを使って、平日だけじゃなくて土曜日も朝から晩までどっぷり2ヵ月
くらい集中的にやる講義。どんどん新しい知見が出てくる世界で、定番の教科
書があってそれを教えておけばいいという成熟した分野ではないから、学生も
大変だけど、先生も大変。それでも人材育成が急務なので、学生も先生方も必
死になってやってきた。
 そういう必死の努力(もちろん文部科学省との折衝なども大変)がやっと実っ
て、できたのが、生物情報科学科。東大理学部では情報科学科以来、約30年ぶ
りの新設。情報科学科が約30年前にできていたことは、野口悠紀雄のドンテモ
IT論のネタになるんだけど、それはまた別の機会に。
 いま、
http://www.bi.s.u-tokyo.ac.jp/
に行くと、2つに分かれるほうの1つ。
http://www.bi.s.u-tokyo.ac.jp/bs_pro/index.html
生物情報科学学部教育プログラム
が、かつての集中講義の発展形。
 数年前に九大に行って、高木利久先生のバイオインフォマティクスの講義を
聴いたときに、前述の集中講義の話があったが、2ヵ月も会社を休めないしな
あなどと思っていた。
 で、その後に、発見したのが、前述集中講義のうち、バイオインフォマティ
クス概論の部分の講義ノートをベースに作られた本。それが
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4897068819/showshotcorne-22/
東京大学バイオインフォマティクス集中講義 (単行本)
東京大学理学部生物情報科学学部教育特別プログラム (編集), 高木 利久
です。

 この本の発行が2004年で九大で話を聴いたときより前。あの講義後に、この
本の存在を知ったとき、
「ばかー。高木。なんでおれに教えん。おれに知らせておけば、情報省の力で
毎年嘘800人くらいは学生を志願させられたのに。やっぱ、高木は中洲で再教
育する必要があるな」
などと思ったわけ。\(^O^)/
 ばかー。お前こそ、何年も紹介しなかったじゃないか。知らせても無駄だっ
ただろうに。
 す、すみません。

 「東京大学バイオインフォマティクス集中講義」の目次は、羊土社のサイト
http://www.yodosha.co.jp/book/9784897068817.html
に行けばわかる。羊土社はおれのイメージでは、コンピュータ系の世界でいう
共立出版みたいな感じがしている。
 読むとわかるが、最初の印象はおそらく非常にバラバラに感じると思う。記
述の水準も自分の馴染みの分野はやさしく感じるだろうし、そうでない分野は、
とても難しく感じるだろうと思う。
 おれの場合、Kyoto Common Lispを作ったLisperの萩谷さんが書いている
「講義3◆情報科学の学び方~バイオインフォマティクスの基礎として」はご
く普通にわかる。
 ほかには仕事と関係している、高井貴子さんの「講義12◆生物がもつ機能の
原理を探る~パスウェイデータベース」、森下真一さんの「講義9◆知識発見
技術入門」、中井謙太さんの「講義10◆ゲノムデータベース入門~つくる人と
使う人のために」などは、頭に入ってくる。しかし、ほかはなかなかね。特に
おれみたいに年取って50歳になろうという人間にはね。^^;

 思い出したから、脱線しておくが、たびたび触れている勝間和代の自分をグ
ーグル化するのが知的生産などというふざけた話。あの週刊ダイヤモンドの特
集で、アルファブロガーの弾さん(小飼弾)が、いやしかし、アルファブロガー
って浮いた日本語だなあ。どう考えても、お笑い芸人の名前かコント集団の名
前にしか思えないね。^^;
 ということで、弾さん、コント集団アルファブロガーの一人ね。\(^O^)/
 ところで、話、何だっけ?
 ばかー、週刊ダイヤモンドの特集のことだろ。
 あ、そうそう。そこで、弾さんが月に500冊本を読むといってたでしょ。勝
間和代も月に100冊以上読むといってたよ。それでフォトリーディングや速読
術を身に付けたなどといってたよね。
 これ、かなり速い方だと思うかもしれないけど、生命科学のような世界中の
天才、秀才、俊英が本気でやってる知の世界では、読むのがあまりに遅すぎて
話にならないんです。恐ろしいことに。
 ざっくり言って、最低でも一桁(10倍)遅い。ひょっとして3桁(1000倍)遅い。
 10倍の月5000冊ならありうるかもしれないけど、1000倍はいくら天才でも無
理。つまり、人間じゃ、どうしようもない世界。だから、「講義9◆知識発見
技術入門」にあるように、コンピュータに読ませる技術開発をずっとやってき
ているし、すでに実際にコンピュータが読みまくって、新しい知の蓄積と探索
をやっています。
 そういう世界をずっとみているので、勝間本が知的生産なんていってるのは、
知や芸術をなめやがって、ふざけるなと、詐欺、詐称、偽装に思えてならない
のね。そして勝間本が25万部突破なんて聞くと、「動物化するポストモダン」
「昆虫化するポストモダン」、さらには「粉体化するポストモダン」だとさえ、
思っちゃうもんね。\(^O^)/
 あ、この話、tti/salonに書いたけど、ウェブやブログには転載してないの
で、ASAHIネットのtti/salonを読めない人には、意味不明かも。
 発散してきたので、この辺でやめておきますね。^^;

 「東京大学バイオインフォマティクス集中講義 」は、発行が4年ほど前な
ので、書き直されるべき事柄も少なからずあるかもしれないが、バイオインフ
ォマティクスを志す若い人(若くない人ももちろん)が、この分野を概観するに
はいいのではないか。少なくとも、ごった煮ぶりがわかるのではないかと。
 この分野15年くらいは経ってるけど、まだうまく煮えてなくて、生物は生物、
情報は情報というモザイクっぽいところはあります。ま、そういう大まかな見
取り図がわかるだけでもいいとは思います。

 さて、冒頭に述べた東大発生命科学の教科書の第3弾とは、
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4758107211/showshotcorne-22/
文系のための生命科学 (単行本)
東京大学生命科学教科書編集委員会
のこと。目次などは、
http://www.yodosha.co.jp/book/9784758107211.html
東大が作った文系のための生命科学
をどうぞ。
 序文、
http://www.yodosha.co.jp/bookdata/9784758107211/9784758107211_preface.pdf
をみると、「生命現象の解析が級数的なペースで進む現代」とあるでしょ。こ
れが、さっき書いた、月に500冊しか読めないんじゃ遅すぎてどうしようもな
い世界のことです。
http://www.yodosha.co.jp/bookdata/9784758107211/9784758107211_contents.pdf
目次詳細
をみると、第10章「生命倫理」、第11章「生命技術と現代社会」がもろに、マ
イクル・クライトンの新作(といっても半年前に出版。訳者の酒井さん、送っ
てくださったのに紹介もせずすみません。やっと先月読んだので、なるべく早
く紹介します)
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4152088524/showshotcorne-22/
NEXT 上 (ハヤカワ・ノヴェルズ) (ハヤカワ・ノヴェルズ) (単行本)
マイクル・クライトン (著), 酒井 昭伸 (翻訳)
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4152088532/showshotcorne-22/
NEXT 下 (ハヤカワ・ノヴェルズ) (ハヤカワ・ノヴェルズ) (単行本)
マイクル・クライトン (著), 酒井 昭伸 (翻訳)
に関係するところですね。中でも、「人体的自然の商品化」がそうでしょうね。

 第3弾がある以上、第1弾、第2弾がありますが、第1弾が、
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4758107203/showshotcorne-22/
生命科学 改訂第2版 (単行本)
東京大学生命科学教科書編集委員会 (編さん)
 目次などは、
http://www.yodosha.co.jp/book/9784758107204.html
生命科学 改訂第2版
をどうぞ。
 これ、紹介を延々後回しにしたせいで、今年、改訂第2版になってます。さ
ぼったことも時に役に立ちますね。^^;
 第3弾が文系向けだったけれど、第1弾は理工系向け。つまり、生物系を専
攻しない理学部や工学部の人間も知っておかなければならない話をまとめたも
の。21世紀の科学者、エンジニアはこれくらいは知っておかないと、生きてい
けません。\(^O^)/
 実際、これらの知識がないために情報省に捕まった人を知っています。おれ
だったりして。\(^O^)/
 第2弾は、
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4758107114/showshotcorne-22/
理系総合のための生命科学―分子・細胞・個体から知る“生命”のしくみ (単
行本)
東京大学生命科学教科書編集委員会 (編さん)
 目次などは、
http://www.yodosha.co.jp/book/9784758107112.html
理系総合のための生命科学
分子・細胞・個体から知る“生命”のしくみ
をどうぞ。
 この第2弾は、理工系一般向けの第1弾から話がもっと本格的になっていて、
「理・医・農・薬・歯学部など生物系を専攻する」人向けとなっています。
 ページ数も、この第2弾が一番多く、次が、第1弾、一番少ないのが第3弾
です。
 つまり、最初は理系一般向けに書いた。それがうまくいったので、ページ数
を増やしてもっと詳しく書いた。それもうまくいったので、じゃ、文系向けに
ページ数を減らして書いた。こういう流れでしょう。

 この3部作は、コレクターでなければ、どれか、自分のレベルや専攻に合わ
せて1冊読んでみればいいと思います。コレクターか、東大ブランドには憧れ
とコンプレックスがある場合は、全部揃えなさい。\(^O^)/
 新書や講談社ブルーバックスより、もっと総合的、本格的で、でも、あんま
り難しい話はいやという場合、身近なネタから入っているし、ページ数も少な
い、文系向けの第3弾が一番読みやすいでしょうね。
 東大発生命科学の教科書3部作は、バイオインフォマティクスに特化した話
ではないけれど、もし、バイオインフォマティクスで使われているアルゴリズ
ムが知りたいなら、
http://iiyu.asablo.jp/blog/2007/05/23/1527799
共立出版「アルゴリズム・サイエンスシリーズ」
で紹介した
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4320121783/showshotcorne-22/
阿久津達也著「バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム」
をどうぞ。

 なるほど、約1年前に、渋谷のブックファーストで買ったのか。
 それで思い出した。
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/02/03/2599268
買ってきた本、超ひも本、ウェブ国産力、傑作パズル本
では、渋谷のブックファーストが全館入っていた6階建てか7階建て大きなビ
ルは、改装工事で、改装が終わるまでブックファーストは移転しているのかと
思って書いているが、そうじゃないんだってね。
 あのビル取り壊して、パチンコだか、なんか、そういうビルを建てるらしい
んです。
 実際、この前、あの辺り(渋谷のドンキホーテがあるところ)を通ったら、ビ
ルがもう取り壊されていました。
 いろいろウワサがあるそうで、ビルのオーナーがヤバそうな連中に代わった
から、本屋なんてものは追い出して、パチンコやスロットなど手っ取り早く儲
かるものにしたんだとかね。
 いまのブックファーストは、あのビルに入っていたときに比べると品揃えは
見る影もないもんね。
 かつては、大盛堂とか理工系に限らず専門書を多く揃えていた本格書店が渋
谷にもいくつかあったけど、どんどんなくなりましたね。あるのは、漫画、ア
ニメ専門店か、そうでなければ、雑誌と新書と文庫をかき集めて並べておくの
が関の山の本屋ばかりになってますね。
 若い連中が多い渋谷の客層なら、そっちのほうが売れるからね。

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_ ホットコーナーの舞台裏 - 2008年04月06日 08時57分01秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp)のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/04/05/2975002
東大発、バイオインフォマティ

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2008年04月08日 06時06分24秒

2008/03/28と2008/03/30にtti/salonに書いたものから。
間にたまさんのコメントがあるけど、他の会議室の書き込みなので転載しない。

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp)のjouwa/salonからホットコ

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2008年04月22日 06時43分21秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp)のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/04/01/2908365
Re: 猪瀬直樹が「道路の暴走 」

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2008年05月18日 07時07分23秒

以下、
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/05/17/3518558
Re: 自分をグーグル化した情報サイボーグの末路
の続き。
 オリジナルの標題に、「その2」をつけました。

===
標題: Re: 自分をグーグル

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2008年05月18日 07時32分09秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp)のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/05/18/3522114
Re: 自分をグーグル化した情報

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2008年11月27日 09時07分55秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp)のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
 1つ前の書き込みに、
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4062575620/sh

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2009年12月23日 06時28分18秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2009/12/22/4769193
Googleの全貌その2
で、
http://

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2010年01月19日 04時49分51秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4315517305/showshotcorne-22/
細胞の分子

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2010年01月25日 02時40分19秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
 アマゾンで売れていて知ったが、「細胞工学」という雑誌があ

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2010年02月27日 07時41分53秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/04/05/2975002
東大発、バイオインフォマテ

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2010年03月30日 06時20分53秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
 講談社ブルーバックスがやってくれました。
 これは、快挙

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2010年08月25日 04時43分33秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
 いよいよ第3巻が出ました。
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4062576740

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2010年10月01日 04時43分37秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2010/09/30/5377471
三中信宏「生物系統学」、計算分子

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2011年01月13日 06時09分39秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
 Franz社のメールで知ったが、GoogleのAI challengeで、Lispで書いたプロ

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2011年04月11日 10時01分35秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
 これ、ずいぶん前に知って書こうと思っていたら、日経サイエンス

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2011年06月12日 23時57分13秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2011/06/11/5906024
卵焼きの作り方練習iPhoneアプリ「Aji

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2012年07月16日 04時25分13秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
ネズミの時間ーサイズの生物学、分子生物学イラストレイテッド
 お

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2014年01月19日 06時20分18秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
 久々に、ゲノム、バイオインフォマティクス、生命科学(ライフサイ

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2014年09月22日 10時22分43秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
 これまで、何度も紹介してきた「カラー図解アメリカ版大学生物学

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2014年11月17日 11時59分47秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
 ビッグデータ、データサイエンス、データサイエンティストなどと

_ ホットコーナー - 2017年01月31日 21時49分36秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonから。
---
 理系はみんな使ったことがあるといわれたけど、そもそも、キムワイプって知らんわ。

https://ja.wikipedia.org/wiki/キムワイプ

 と思

_ ホットコーナー - 2017年10月04日 11時07分36秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonから。
---
 阿部さん、いつも献本、ありがとうございます。
 いま、モバイルプログラミングのカテゴリで、ベストセラー1位ですね。ご同慶の