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オープンバイオ研究会著「オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス」 とバイオインフォマティクス本2008年12月09日 05時43分33秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp)のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/12/09/3999764
樋口千洋、石井一夫著「統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデー
タ解析」
の次は、
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4501622601/showshotcorne-22/
オープンソースで学ぶバイオインフォマティクス (単行本)
オープンバイオ研究会 (編集)

 出てすぐ買って紹介が遅れたけど、ソフト付きでバイオインフォマティクス
入門という本では、これ、いま、一番、いいと思う。
 なにしろ、BioPerl, BioConductorはじめ、バイオの世界で有名どころのオ
ープンソースのソフトがDVDに全部入り。\(^O^)/
 そして、それぞれの概念や使い方の基本が解説してある。
 しかも、このDVD、Knoppix というDVDから起動できるLive Linuxを使った 
KNOB(Knoppix for BIO)を収録してあるので、WindowsマシンでもDVDから起動
して使えます。

http://iiyu.asablo.jp/blog/2007/01/26/1138367
Maxima, KNOPPIX/Math, R, Octaveその他
で紹介したように、 KNOPPIX/Mathもあるし、Knoppix、偉いね。

http://ja.wikipedia.org/wiki/KNOPPIX
http://knob.sourceforge.jp/ja/
KNOB(Knoppix for BIO)
http://www.knoppix-math.org/
KNOPPIX/Math
http://www.knoppix-math.org/wiki/index.php?KNOPPIX%2FMath
KNOPPIX/Math日本語ページ

 ほぉ、KNOPPIX/Mathのサイトは、
We would like to thank the Department of Applied Mathematics at
Fukuoka University for hosting these web pages.
だって。福大の応用数学科でホスティングしているのか。
 この前の
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/12/07/3996822
オープンソースカンファレンス2008 Fukuoka(OSC2008 Fukuoka)について
といい、福大、元気があって、すごいね。九大、だめじゃん。
 あのメールをくれた福岡大学理学部の濱田さんは、ひょっとして、KNOPPIX/
Mathにも関係しているんでしょうか。OSC2008 Fukuokaの内容も数学関係だも
んね。きっと関係しているな。もう、勝手にそう決めた。\(^O^)/

 さて、寄り道ばかりなので、本書に戻ろう。
 著者であるオープンバイオ研究会のサイトは、
http://open-bio.jp/
オープンバイオ研究会
です。
 たしか、ここか、この関係者がやっていたサイトだと思うんだけど、昔、
BioLispやらを調べていたとき、BioPerl, BioPython, BioRuby, BioJavaなど
有名どころ以外にも、BioCOBOLなど、名の通ったプログラミング言語の前に片
っ端からBioを付けたリンクが並んでいたんです。
 BioCOBOLなんてあるのかよと思って、クリックしたら、実際にはなかった。^^;
 でも、いずれ、全プログラミング言語にBio関係のものを移植して、すべて
のBioXXXのリンク先を現実のものにするぞという気宇壮大さを感じて、面白か
ったよ。
 いまのところ、まともに活動があるのは、
http://bioperl.org/wiki/BioPerl
BioPerl
http://biojava.org/wiki/Main_Page
BioJava
http://biopython.org/wiki/Main_Page
BioPython
http://www.bioruby.org/
BioRuby
みたいね。
http://www.open-bio.org/
Open Bio Foundation (OBF)

http://www.open-bio.org/wiki/Projects
をみてもそうだね。
 元々はBioPerlで、それを追いかけている感じなんですが、BioJavaが最近、
目立つ気がしますね。一般にJavaのほうがPerlの何倍もスピードが速いしね。
 あ、BioLisp(BioBike)もお忘れなく。
http://www.biolisp.org/
BioLisp
は、結局、
http://nostoc.stanford.edu/Docs/
BioBike
に行きます。
 ということで、読むだけじゃなくて、実際に手を動かして、ソフトを使いな
がら勉強するバイオインフォマティクス入門として、本書はいいきっかけにな
ると思います。

 実は、昔、バイオ関係の仕事を始めたとき、右も左もわからないので、
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4873110688/showshotcorne-22/
実践 バイオインフォマティクス -ゲノム研究のためのコンピュータスキル-
(単行本)
Cynthia Gibas (著), Per Jambeck (著), 水島 洋 (翻訳), 明石 浩史 (翻訳),
ま たぬき (翻訳)
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/487311103X/showshotcorne-22/
バイオインフォマティクスのためのPerl入門 (単行本)
水島 洋 (著, 翻訳), 明石 浩史 (翻訳), ま たぬき (翻訳), 小林 慎治 (翻
訳)
を買った。
 はうあ! 「バイオインフォマティクスのためのPerl入門」は、いま、6700
円からだって。後述のオライリーのサイトで調べると、税込み5000円くらいだ
から、すごいね。

http://www.oreilly.co.jp/books/4873110688/
実践 バイオインフォマティクス――ゲノム研究のためのコンピュータスキル
の目次をみるとわかるけど、コンピュータや情報技術に詳しくない生物学の学
生、研究者のために、バイオインフォマティクスとはどういうもので、Unixと
はどういうものでどういうコマンドがあってなどという解説が多い。
 コンピュータのことを知らない生物系の人には有用だろうが、情報系の学生
や研究者でバイオインフォマティクスをやろうと思う人には、すでに知ってい
ることが多く、あまり適していないかもしれない。
 出版年が2002年だし、バイオ界は、ソフトもデータベースもそれからずいぶ
ん変わっているから、本書に書いてあるそのままでは通用しないことも増えて
いると思う。その面でも有用性が落ちてきているだろうとは思う。

http://www.oreilly.co.jp/books/487311103X/
バイオインフォマティクスのためのPerl入門
の目次をみるとわかるように、ほんとにPerlの本。バイオに絞ってPerlを学び
たい人にはいいと思うけれど、すでにPerlをよく知っている人には、あまり役
に立たないかもしれない。
 これも、出版年が2002年だし、「実践 バイオインフォマティクス」同様、
その面でも有用性が落ちてきているのではないか。

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4777510069/showshotcorne-22/
基礎からのバイオインフォマティクス―ナノレベルから生物を理解するための
情報工学 (I・O BOOKS) (単行本)
足立 理一 (著)
は、Javaを使ったバイオインフォマティクスのプログラミング本。
 目次などは、
http://www.kohgakusha.co.jp/books/detail/978-4-7775-1006-1
基礎からのバイオインフォマティクス
をどうぞ。
 前述「バイオインフォマティクスのためのPerl入門」は、Perlでプログラミ
ングしてても、あまりバイオインフォマティクスのアルゴリズムという感じは
なくて、バイオ系のデータベースの出力をPerlで切った貼ったする感じのコー
ドが多いんです。
 その点、本書は、もっと、ちゃんとアルゴリズムのプログラミング例が出て
います。たとえば、ダイナミックプログラミグ(DP)による配列のアライメント、
隠れマルコフモデル(HMM)、ニューラルネットといったことを実際のコード例
で示しています。

 バイオインフォマティクスのアルゴリズムについては、
http://iiyu.asablo.jp/blog/2007/05/23/1527799
共立出版「アルゴリズム・サイエンスシリーズ」
で紹介した
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4320121783/showshotcorne-22/
阿久津達也著「バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム」
が、簡潔明瞭でいいです。

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