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樋口千洋、石井一夫著「統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析」2008年12月09日 04時22分04秒

ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp)のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/12/07/3996822
オープンソースカンファレンス2008 Fukuoka(OSC2008 Fukuoka)について
で、Maximaのことを検索して、統計解析ソフトR、あるいはR言語のことを思い
出し、紹介しようと思っていた本を思い出した。

http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4320056590/showshotcorne-22/
統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析-Bioconductorを
用いたゲノムスケールのデータマイニング-〔CD-ROM付〕 (単行本)
樋口 千洋 (著), 石井 一夫 (著)

 これは、その書名通り。R言語を使って、バイオのデータ解析をするやり方
を示した本。Bioconductorは、バイオインフォマティクスの世界では有名。

http://www.r-project.org/
Rの公式サイト The R Project for Statistical Computing
http://www.bioconductor.org/
Bioconductor公式サイト

 著者の一人、樋口千洋氏は、管理工学研究所時代の同僚。
 ということで、いきなり、くだけて、千洋ちゃんと呼ぶが、あ、「ちひろ」
ちゃんといいっても、かわいい女の子じゃないよ。大男。身長50メートル、体
重2万トンはある。
 そりゃ、ゴジラだろ。
 あ、
http://ja.wikipedia.org/wiki/ゴジラ_(架空の怪獣)
をみると、ゴジラの身長って、テキトーにご都合主義でころころ変わっている
のね。知らなかった。まあ、ガメラのほうが好きだからいいや。
 でも、身長50メートルで2万トンもあるんじゃ、重すぎない? メタボ検診
でアウトでしょう。\(^O^)/
 まあ、フツーの地球生物じゃないから、しょうがないか。

 で、千洋ちゃんとは、毎年恒例のFranz社・数理システムのLispセミナーで、
数年前に、10年ぶりくらいでばったり会った。
 「いま、どこ? なにやってんの?」
 「大阪で、バイオ関係やってます」
 「ほぉ。じゃ、大麻の栽培と密売か」
 「ちょっと、待ってよ。そんなデタラメ、ウェブとかで書かないでよ」
 書きました。\(^O^)/
 いや、ずっとそう思ってたんだけど、千洋ちゃんは偉いね。そんなデマを吹
き飛ばす本を書きました。ちゃんと、バイオインフォマティクスの本です。
 なにしろ、共立出版から出ているもん。いいなあ、共立から本を出したのか。
ステータスですよね。
 目次などは、
http://www.kyoritsu-pub.co.jp/shinkan/shin0709_04.html
統計解析環境Rによるバイオインフォマティクスデータ解析
をどうぞ。
 本書のサポートページとして挙げられているところは、すでになく、結局、
調べたら、
http://officeparis.org/hiki/
(社)日本技術士会プロジェクトチームバイオインフォマティクスセンター
になってる。
 本書の冒頭では、バイオの世界は変化が速く激しく、単なるハウツーを身に
つけてもしょうがないので、調べる力を身につけようという話が出てくるが、
まさにそれを地で行く展開。
 それにしても、日本技術士会にこんなチームがあるのか。おれ、昔、技術士
資格を取ろうと思った瞬間があったけど、瞬間でしたね。^^;
 どうせ、資格を取るなら、こういう資格のほうがいいよ。いわゆる「士」の
付く、資格ね。

 本書に戻ると、詳細目次をみればわかるように、前半はR言語の解説でもあ
るけれど、第8章以降は、実に幅広く、いろんなことを解説してある。第8章
に限っても、おれが名前を知っているようなデータマイニング手法は、全部あ
る。SOM(自己組織化マップ)やSVM(サポートベクタマシン)、Random Forestも
あって、全部入り。\(^O^)/

 RとBioconductorだと、
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4431734643/showshotcorne-22/
RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス
も有名ですが、高いし、バイオインフォマティクスで、Rを使おうという人は、
まずは、千洋ちゃんの本でお願いします。^^;
 たぶん、両者は、補完関係にあると思う。

 Rについては、
http://iiyu.asablo.jp/blog/2007/09/10/1789301
Peter Dalgaard著、岡田昌史訳「Rによる医療統計学」
で紹介した、
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4621078119/showshotcorne-22/
Peter Dalgaard著、岡田昌史訳「Rによる医療統計学」
もありますね。そこでも書いたけど、例題として医療関係のデータを使ったと
いうだけで、医療統計というより、Rそのものの解説です。

 Rの入門としては、
http://www.amazon.co.jp/exec/obidos/ASIN/4777511847/showshotcorne-22/
舟尾暢男, 高浪洋平著「データ解析環境「R」―定番フリーソフトの基本操作
からグラフィックス、統計解析まで」
が、人気があるようです。
 その他、
http://iiyu.asablo.jp/blog/2007/01/26/1138367
Maxima, KNOPPIX/Math, R, Octaveその他
もどうぞ。

コメント

_ uncorrelated ― 2009年02月18日 04時04分30秒

R言語、面白いですね。
比較的違和感の無い制御構文と、変数にベクトルや行列があることによる統計演算の容易さ、ユーザーによる追加パッケージ作成機能がいい感じの相乗効果をもたらしていると思います。

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ASAHIネット(http://www.asahi-net.or.jp)のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
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樋口千洋、石井一夫著「統計解

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2010年03月22日 05時42分58秒

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_ ホットコーナーの舞台裏 - 2010年10月01日 04時43分37秒

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http://iiyu.asablo.jp/blog/2011/03/23/5754564
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_ ホットコーナーの舞台裏 - 2011年03月30日 09時15分51秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
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 千洋ちゃん、連絡してくれたらいいのに。書名くらい出すよ。
 自