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バイオ関係2011年11月16日 09時30分35秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
 久々に
https://bio.nikkeibp.co.jp/
日経バイオテク
をみると、いろいろ面白いわ。

https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20111115/157902/
Zurich工科大学、遺伝子発現をコンピューターでコントロールする
サイボーグ酵母を開発

 いいねえ。サイボーグ酵母。
 1号から9号まで揃えて、サイボーグ009にしてほしいわ。\(^O^)/

https://special.nikkeibp.co.jp/ts/article/aaaa/114002/
『犯罪捜査とDNA鑑定』 元NY市警ジョセフ・ブロジス氏来日講演(同時通訳)
~DNA抽出に基づいた科学捜査の重要性と犯罪現場での捜査の本質~
<DNA鑑定学会第4回大会>

 DNA鑑定学会なんてのがあるのね。

https://special.nikkeibp.co.jp/ts/article/aaaa/113442/
次世代シーケンスデータ解析の常識を覆す、驚異の高性能を実現した
ソフトウエア【SeqMan NGen 3.1】登場!

 こりゃ、ほんとなら、すごそうですね。

http://nbt.nikkeibp.co.jp/bio/seminar/111130/index.html
1Gシーケンスの挑戦、
ゲノム解析の新たな地平へ。

 次世代シーケンサーで、そろそろ1000ドルで個人のゲノムを解読できる時代
が到来するだろうといわれてますね。
 次世代シーケンサーは、テラバイト(TB)のデータをばんばん吐き出してくる
ので、そんな大量のデータをどう処理するかが問題。
 上記にある
--- ここから ---
一度に大量のデータを排出する次世代シーケンサーによるデータ解析は、高速
なCPUコアを多数備え、さらに数百GBものメモリを搭載した、非常に高価な
Linuxクラスターでなければ処理できず、ソフトウエアは難解なコマンドライ
ンが当たり前、と言うのが、これまで常識でした。
--- ここまで ---
というのが、実際にそうなんですよ。恐ろしいことに。
 ソフトで解析しようにも、コンピュータが遅すぎる。\(^O^)/
 蓄積しようにも、ハードディスクが遅すぎる、小さすぎる。\(^O^)/
 ネットワークで転送しようにも、ネットワークが遅すぎる。\(^O^)/
 東大(東京大学)の高木先生の講義を九大(九州大学)で受けていると、そうい
う話が数年前から話題になっていた。
 なんか、昔の8bitマイコンの世界に戻ったみたいな気分。圧倒的なデータ量
の前に、コンピュータもネットワークも貧弱すぎるんですよね。
 遠隔地にそんなデータを転送するくらいなら、シーケンサーにかけた細胞を
物理的手段で送って、あっちのシーケンサーでまた処理したほうが速いんじゃ
ないかと思うけど、だめなんでしょうか。
 細胞なら、ネットワークじゃなくて、伝書鳩でも送れるし。\(^O^)/

 そんなにデータばかりばんばん出てきて、どうするんだってことです。
 もう10年くらい前か。バイオの世界は恐ろしいと思いました。
 書いたことあると思うけど、あるテキストファイルを、Perlでひらっと書い
て処理しようとしたら、いつまで経っても戻ってこない。別にプログラムを書
いて、そのファイルを調べたら、1行が100MBもあるようなテキストファイル
だった。\(^O^)/
 びっくりしたわ。怖いわ、バイオ。
 あ、あった。
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/06/17/3581893
気になってるプログラミング本

 だもんで、上記、
「次世代シーケンスデータ解析の常識を覆す、驚異の高性能を実現したソフト
ウエア」
などという話が重要になってくるわけです。

関連:
http://iiyu.asablo.jp/blog/2010/06/27/5188408
培風館の新物理学シリーズ。日経サイエンス、大原松露饅頭も

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_ ホットコーナーの舞台裏 - 2012年05月09日 04時20分06秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
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 第2特集の「南海トラフ巨大地震」を目当てで「ニュートン」2012年6

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2012年08月28日 01時34分27秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
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http://iiyu.asablo.jp/blog/2012/08/06/6532211
雑誌「Pen(ペン)」がルパン3世特集

_ ホットコーナーの舞台裏 - 2012年09月21日 07時27分18秒

ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
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http://iiyu.asablo.jp/blog/2012/09/14/6573388
宇宙ニュース、火星移住者を募集、
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