バイオ関係 ― 2011年11月16日 09時30分35秒
ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
久々に
https://bio.nikkeibp.co.jp/
日経バイオテク
をみると、いろいろ面白いわ。
https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20111115/157902/
Zurich工科大学、遺伝子発現をコンピューターでコントロールする
サイボーグ酵母を開発
いいねえ。サイボーグ酵母。
1号から9号まで揃えて、サイボーグ009にしてほしいわ。\(^O^)/
https://special.nikkeibp.co.jp/ts/article/aaaa/114002/
『犯罪捜査とDNA鑑定』 元NY市警ジョセフ・ブロジス氏来日講演(同時通訳)
~DNA抽出に基づいた科学捜査の重要性と犯罪現場での捜査の本質~
<DNA鑑定学会第4回大会>
DNA鑑定学会なんてのがあるのね。
https://special.nikkeibp.co.jp/ts/article/aaaa/113442/
次世代シーケンスデータ解析の常識を覆す、驚異の高性能を実現した
ソフトウエア【SeqMan NGen 3.1】登場!
こりゃ、ほんとなら、すごそうですね。
http://nbt.nikkeibp.co.jp/bio/seminar/111130/index.html
1Gシーケンスの挑戦、
ゲノム解析の新たな地平へ。
次世代シーケンサーで、そろそろ1000ドルで個人のゲノムを解読できる時代
が到来するだろうといわれてますね。
次世代シーケンサーは、テラバイト(TB)のデータをばんばん吐き出してくる
ので、そんな大量のデータをどう処理するかが問題。
上記にある
--- ここから ---
一度に大量のデータを排出する次世代シーケンサーによるデータ解析は、高速
なCPUコアを多数備え、さらに数百GBものメモリを搭載した、非常に高価な
Linuxクラスターでなければ処理できず、ソフトウエアは難解なコマンドライ
ンが当たり前、と言うのが、これまで常識でした。
--- ここまで ---
というのが、実際にそうなんですよ。恐ろしいことに。
ソフトで解析しようにも、コンピュータが遅すぎる。\(^O^)/
蓄積しようにも、ハードディスクが遅すぎる、小さすぎる。\(^O^)/
ネットワークで転送しようにも、ネットワークが遅すぎる。\(^O^)/
東大(東京大学)の高木先生の講義を九大(九州大学)で受けていると、そうい
う話が数年前から話題になっていた。
なんか、昔の8bitマイコンの世界に戻ったみたいな気分。圧倒的なデータ量
の前に、コンピュータもネットワークも貧弱すぎるんですよね。
遠隔地にそんなデータを転送するくらいなら、シーケンサーにかけた細胞を
物理的手段で送って、あっちのシーケンサーでまた処理したほうが速いんじゃ
ないかと思うけど、だめなんでしょうか。
細胞なら、ネットワークじゃなくて、伝書鳩でも送れるし。\(^O^)/
そんなにデータばかりばんばん出てきて、どうするんだってことです。
もう10年くらい前か。バイオの世界は恐ろしいと思いました。
書いたことあると思うけど、あるテキストファイルを、Perlでひらっと書い
て処理しようとしたら、いつまで経っても戻ってこない。別にプログラムを書
いて、そのファイルを調べたら、1行が100MBもあるようなテキストファイル
だった。\(^O^)/
びっくりしたわ。怖いわ、バイオ。
あ、あった。
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/06/17/3581893
気になってるプログラミング本
だもんで、上記、
「次世代シーケンスデータ解析の常識を覆す、驚異の高性能を実現したソフト
ウエア」
などという話が重要になってくるわけです。
関連:
http://iiyu.asablo.jp/blog/2010/06/27/5188408
培風館の新物理学シリーズ。日経サイエンス、大原松露饅頭も
---
久々に
https://bio.nikkeibp.co.jp/
日経バイオテク
をみると、いろいろ面白いわ。
https://bio.nikkeibp.co.jp/article/news/20111115/157902/
Zurich工科大学、遺伝子発現をコンピューターでコントロールする
サイボーグ酵母を開発
いいねえ。サイボーグ酵母。
1号から9号まで揃えて、サイボーグ009にしてほしいわ。\(^O^)/
https://special.nikkeibp.co.jp/ts/article/aaaa/114002/
『犯罪捜査とDNA鑑定』 元NY市警ジョセフ・ブロジス氏来日講演(同時通訳)
~DNA抽出に基づいた科学捜査の重要性と犯罪現場での捜査の本質~
<DNA鑑定学会第4回大会>
DNA鑑定学会なんてのがあるのね。
https://special.nikkeibp.co.jp/ts/article/aaaa/113442/
次世代シーケンスデータ解析の常識を覆す、驚異の高性能を実現した
ソフトウエア【SeqMan NGen 3.1】登場!
こりゃ、ほんとなら、すごそうですね。
http://nbt.nikkeibp.co.jp/bio/seminar/111130/index.html
1Gシーケンスの挑戦、
ゲノム解析の新たな地平へ。
次世代シーケンサーで、そろそろ1000ドルで個人のゲノムを解読できる時代
が到来するだろうといわれてますね。
次世代シーケンサーは、テラバイト(TB)のデータをばんばん吐き出してくる
ので、そんな大量のデータをどう処理するかが問題。
上記にある
--- ここから ---
一度に大量のデータを排出する次世代シーケンサーによるデータ解析は、高速
なCPUコアを多数備え、さらに数百GBものメモリを搭載した、非常に高価な
Linuxクラスターでなければ処理できず、ソフトウエアは難解なコマンドライ
ンが当たり前、と言うのが、これまで常識でした。
--- ここまで ---
というのが、実際にそうなんですよ。恐ろしいことに。
ソフトで解析しようにも、コンピュータが遅すぎる。\(^O^)/
蓄積しようにも、ハードディスクが遅すぎる、小さすぎる。\(^O^)/
ネットワークで転送しようにも、ネットワークが遅すぎる。\(^O^)/
東大(東京大学)の高木先生の講義を九大(九州大学)で受けていると、そうい
う話が数年前から話題になっていた。
なんか、昔の8bitマイコンの世界に戻ったみたいな気分。圧倒的なデータ量
の前に、コンピュータもネットワークも貧弱すぎるんですよね。
遠隔地にそんなデータを転送するくらいなら、シーケンサーにかけた細胞を
物理的手段で送って、あっちのシーケンサーでまた処理したほうが速いんじゃ
ないかと思うけど、だめなんでしょうか。
細胞なら、ネットワークじゃなくて、伝書鳩でも送れるし。\(^O^)/
そんなにデータばかりばんばん出てきて、どうするんだってことです。
もう10年くらい前か。バイオの世界は恐ろしいと思いました。
書いたことあると思うけど、あるテキストファイルを、Perlでひらっと書い
て処理しようとしたら、いつまで経っても戻ってこない。別にプログラムを書
いて、そのファイルを調べたら、1行が100MBもあるようなテキストファイル
だった。\(^O^)/
びっくりしたわ。怖いわ、バイオ。
あ、あった。
http://iiyu.asablo.jp/blog/2008/06/17/3581893
気になってるプログラミング本
だもんで、上記、
「次世代シーケンスデータ解析の常識を覆す、驚異の高性能を実現したソフト
ウエア」
などという話が重要になってくるわけです。
関連:
http://iiyu.asablo.jp/blog/2010/06/27/5188408
培風館の新物理学シリーズ。日経サイエンス、大原松露饅頭も
コメント
トラックバック
_ ホットコーナーの舞台裏 - 2012年05月09日 04時20分06秒
ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
第2特集の「南海トラフ巨大地震」を目当てで「ニュートン」2012年6
---
第2特集の「南海トラフ巨大地震」を目当てで「ニュートン」2012年6
_ ホットコーナーの舞台裏 - 2012年08月28日 01時34分27秒
ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2012/08/06/6532211
雑誌「Pen(ペン)」がルパン3世特集
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2012/08/06/6532211
雑誌「Pen(ペン)」がルパン3世特集
_ ホットコーナーの舞台裏 - 2012年09月21日 07時27分18秒
ASAHIネット(http://asahi-net.jp )のjouwa/salonからホットコーナー(http://www.asahi-net.or.jp/~ki4s-nkmr/ )に転載したものから。
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2012/09/14/6573388
宇宙ニュース、火星移住者を募集、
---
http://iiyu.asablo.jp/blog/2012/09/14/6573388
宇宙ニュース、火星移住者を募集、
コメントをどうぞ
※メールアドレスとURLの入力は必須ではありません。 入力されたメールアドレスは記事に反映されず、ブログの管理者のみが参照できます。
※なお、送られたコメントはブログの管理者が確認するまで公開されません。
※投稿には管理者が設定した質問に答える必要があります。